雪茄烟草在用于制作雪茄之前需要经过发酵过程。这个过程分为几个步骤。第一步是在通风良好的干燥室内自然风干。房间的湿度并不重要，因为目的是去除绿叶中的所有水分。第二步是将经过第一道发酵工序的烟叶堆拆开。通过自动喷淋系统向每捆烟叶喷水，使其均匀受潮。然后摇晃烟叶，去除多余的水分。10 束烟叶捆绑在一起后，将它们竖立在一个房间里。一旦所有烟叶都均匀受潮，烟草就可以开始第二次发酵过程。

值得注意的是，这个过程是雪茄特有的。关于 1945 年后中国烟草工厂使用的烟草的年龄，存在一些争议。不过，不管是国产烟还是进口烟，所有发酵烟草产品，包含卷烟、烟斗烟和雪茄，在 2000 年之后都要经过三道发酵工序，即 "瓦塘晒烟"。这三个阶段包含初发酵、糊状发酵和后发酵陈酿。

烟叶堆的排列方式很特别。烟叶的顶端向外排列，烟叶堆由外向内逐渐分层，每一排烟叶的长度约为前一排烟叶的一半，与前一排烟叶重叠。第一层烟叶很重要，因为它是其余烟叶的基础。

烟草发酵主要有四种方法：自然发酵，包含挂杆发酵和堆垛发酵；微生物发酵；酶发酵；强化发酵，包含添加材料、连续隧道发酵和快速催化发酵。根据制作的最终产品选择正确的发酵方法至关重要。